Il protagonista, Shinichi, è un liceale che, nonostante la giovane età, è un abile investigatore che collabora spesso con la polizia risolvendo casi molto intricati. Grande fan di Sherlock Holmes, sogna di emularne le imprese. Un giorno, recatosi con l'amica Ran Mouri ad un parco di divertimenti, assiste ad un sanguinoso caso di omicidio, riuscendo alla fine a risolverlo e a scovare il colpevole. Assiste poi ad uno scambio di affari sospetto tra uomini vestiti di nero, membri di una misteriosa organizzazione criminale. Shinichi viene scoperto e catturato: essendo un testimone scomodo, i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli un veleno sperimentale che, invece di ucciderlo, lo ringiovanisce di 10 anni
Riuscito a sfuggire ai rapitori, Shinichi si rifugia dall'amico, il professor Hiroshi Agasa e, seguendone il consiglio, nasconde la sua identità per evitare che gli uomini in nero scoprano che è ancora in vita. Quando Ran (che ne ignora la verà identità) gli chiede il suo nome, Shinichi inventa sul momento il nominativo di Conan Edogawa. Il professore Agasa suggerisce al ragazzo di trasferirsi a vivere con Ran ed il padre di quest'ultima , Kogoro Mouri, un detective non molto dotato. Da questo momento in poi Conan risolverà tutti i casi che verranno affidati a Kogoro, a volte con l'aiuto dei suoi nuovi amici, con cui forma la squadra dei Giovani Detective.

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