Dopo aver perso le tracce di Fox Mulder per un anno intero, A.D. Skinner e l'agente Scully vengono a sapere che è stato arrestato per l'omicidio di un militare che è impossibile abbia ucciso: Knowle Rohrer, uno dei super-soldati segreti del governo. Con Skinner come difensore, persone con cui Mulder ha avuto a che fare nell'arco degli ultimi nove anni come agente dell'FBI testimoniano in sua difesa. Ma questo tribunale militare non ha interesse per la verità. Eppure, quando compare un alleato inaspettato, Mulder si rifiuta di fuggire oltre confine per salvarsi. Piuttosto, si dirige a sud-ovest verso le rovine di Anasazi nel New Mexico alla ricerca di un misterioso saggio che gli indiani chiamano ''Il Depositario della Verità''.

Riflessioni sulla verità: interviste al cast
Episodio speciale della Stagione 9: ''William'' 45 minuti dedicati al figlio di Mulder e Scully