Dieci anni dopo l'invasione di Naboo, Anakin Skywalker (Hayden Christensen), oggi ventenne, è un apprendista del Cavaliere Jedi Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor). La Galassia è sull'orlo di una guerra civile quando fallisce un tenativo di omicidio della Senatrice Padmé Amidala (Natalie Portman), ex Regina di Naboo. Anakin viene incaricato di proteggerla ma durante la sua missione il giovane Jedi si innamora di lei, mentre inizia a scoprire lentamente il suo Lato Oscuro. Anakin, Padmé e Obi-Wan Kenobi sono, infine, coinvolti nel crescente conflitto che coinvolge tutta la Galassia e nell'inizio delle Guerre dei Cloni.